Goodenough được sinh ra ở Jena, Đức, với cha mẹ là Erwin Ramsdell Goodenough (1893-1965) và Helen Meriam Goodenough. Cha ông từng học Ph.D. tại Trường Thần học Harvard vào thời điểm John chào đời và sau đó trở thành Giáo sư về lịch sử tôn giáo tại Yale. John cũng là em trai của nhà nhân chủng học quá cố Ward Goodenough của Đại học Pennsylvania. John và anh trai Ward đã học trường nội trú tại trường Groton [3]. John Goodenough nhận bằng Cử nhân Toán học, summa cum laude, từ Đại học Yale năm 1944, nơi ông là thành viên của Skull and Bones.[4] Sau khi phục vụ trong Quân đội Hoa Kỳ với tư cách là nhà khí tượng học [5] trong Thế chiến II, ông trở lại để hoàn thành bằng tiến sĩ. trong Vật lý dưới sự giám sát của Clarence Zener tại Đại học Chicago năm 1952.